Die Unterschiede zwischen verschiedenen Input-Einstellungen resultieren daraus, dass das Pod bei Mono-Effekten oder einem Amp-Modell die beiden Signale zusammenmischt. Da macht es natürlich einen Unterschied ob das Amp-Modell zweimal das Gitarrensignal bekommt oder einmal Gitarre und einmal Variax/Mic/Aux (die bei dir nicht belegt sind).
Wenn du nur ein Amp-Modell verwendest, gehört nur ein Input auf "Guitar" und der andere auf "Variax". Dann findet keine Verdopplung des Gitarrensignal statt und falls du mal eine Variax anschließt, funktioniert sie auch.
Verwendest du zwei Amp-Modelle parallel, dann musst du Input 1 auf "Guitar" oder "Guitar + Variax" stellen und Input 2 auf "Same". Dann bekommen beide Amp-Modelle das gleiche Signal.
Das ist kein "Problem", sondern liegt eben an der Signalverarbeitung des Pod. Ich weiß nicht ob andere Multieffekte das anders machen.
Zum zweiten Problem, das dir die Lautstärkeunterschiede zwischen den Voicings des DT25 zu groß sind:
Du hast ja für jeden Kanal ein Channel-Volume, also wenn du erst deinen Cleansound im (eher leisen) Voicing 1 einstellst, kannst du im zweiten Kanal das Voicing 3 ja einfach leiser machen.
Das "Problem" wird dir aber bei der Kombination von HD500 und DT25 auch noch begegnen
Die analoge Endstufeneinstellung macht einen riesen Unterschied in der Lautstärke - 1 und 4 sind relativ leise, 2 ist lauter und 3 ist nochmal wesentlich lauter (wenn du den Preamp am Pod nicht verstellst wohlgemerkt).
Wenn dein Pod neu ist, sollte es werkseitig eine Setlist mit Presets für den DT25 haben ("L6 Link DT" oder so ähnlich). Dadrin findest du fast alle Ampmodelle ohne Effekte halbwegs angepasst in der Lautstärke. Da kannst du dir gut einen ersten Eindruck verschaffen
Ansonsten kann ich hier auch mal ein paar Presets hochladen.
Grüße