Nein, das mit den Einstellungen war im Prinzip nur eine Ergänzung. Daran liegt es nicht.
Dass der Neck PU bei gleichen Amp-Einstellungen basslastiger und weicher klingt ist richtig und rein physikalisch bedingt. Und dabei ist es auch egal in welchem Kanal man das macht. Im Clean und leichten Crunch ist der Effekt bei Rhythmusgitarre vielleicht noch erwünscht, ab kräftigem Overdrive matscht es dann meistens.
Mit einem gut greifenden EQ könnte man das zwar ausgleichen, und die Bässe extrem ausdünnen, dann ist aber der Bridge-PU im High Gain nicht mehr nutzbar, weil der dann nur noch dünn und höhenlastig klingt.