Das müsste normal sein. Der serielle FX Loop trennt praktisch Vorstufe und Endstufe auf, sobald was eingesteckt wird. Wenn du ein Reverb-Pedal reinhängst, dann wird das Signal nach der Vorstufe ins Pedal geführt (FX Send) und von da aus wieder zurück in die Endstufe (FX Return).
Du umgehst jetzt aber die Vorstufe komplett und ersetzt diese durch deinen JMP1 Preamp. Da beim Tubemeister soweit ich weiß alle Regler auf die Vorstufe wirken und es kein Mastervolume/Presence/Resonance etc. für die Endstufe selbst gibt, sind bei dieser Anordnung natürlich auch alle Regler wirkungslos.
Du kannst natürlich versuchen, den JMP1 vor den Clean-Kanal zu hängen, dann geht dein Gitarrensignal aber durch zwei Vorstufen, was sich meistens eher bescheiden anhört. Probieren kannst du es aber, nur mit dem Ausgangspegel vom JMP1 solltest du da vielleicht vorsichtig sein...