Bei einer Fuge fängst du ja immer mit der 1. Durchführung an. Als erstes muss das Thema in einer Stimme alleine kommen (=Dux) und dann eine Quinte höher (oder tiefer) in der nächsten Stimme (=Comes). Du musst dir aber während des Comes gleich einen Contrapunkt überlegen; der sollte auch halbwegs markant sein, hat aber (wenn man so will) eine "niedrigere Erkennungsrate" als das Thema (sollte er zumindest). Sieht man ziemlich gut an der Fuge 2 aus WTK I:
http://de.wikipedia.org/wiki/Bild:Wtk1-fugue2-page1-mm1-9.png
Wie du siehst, besteht der Contrapunkt eigentlich fast nur aus Schrittweise geführten 8teln. Außerdem siehst du da schön den Aufbau der 1. Durchführung. Die Themeneinsätze von Dux und Comes kommen direkt hintereinander (in Mittelstimme und Diskant) und nach einer kleinen Überleitung kommt im Bass schließlich auch das Thema.
Das mit der Dissonanzenbehandlung ist je nach Stil natürlich unterschiedlich (ich rate dir: schreib mindestens 3stimmig, da die Dissonanzen im 2stimmigen wesentlich schwieriger und genauer zu behandeln sind; und im 3- bis mehrstimmigen hören sich verdeckte oktav- und quintparallelen nicht so "hart" an)
Wichtig ist, dass du am besten, wenn du Dissonanzen schreibst, die Stimmen (mindestens eine) _schrittweise_ geführt werden und sich auch schrittweise auflösen solten. (da hast du natürlich Vorteile, wenn du einen Schrittweise geführten Contrapunkt hast
)
Außerdem solltest du eine gewisse harmonische Grundlage setzen. z.B. moduliert Bach in der Fuge beim Einsatz des Comes im 3. Takt sofort nach g-moll, was auch logisch ist, da der Comes ja eine Quinte höher steht und findet erst in der Überleitung vom Comes zum 3. Themeneinsatz wieder nach c-moll zurück.