Erst einmal herzlichen Glückwunsch zu dem Amp!!
Ich habe in meinem Rack sozusagen den "originalen" Mark II c als Preamp (Mesa Boogie Studio Preamp) und Du das weiterentwickelte Soundmonster.
Mesa Boogie sagt ja ziemlich deutlich, dass man bei der Wahl der Effekte im Loop vorher testen soll, ob das passt. Es gehen natürlich nur hochwertige Effekte, weil die mit dem Boogie auch am besten harmonieren...
Es kann dennoch vorkommen, dass die Effekte nicht passen und beim JP2 läßt sich der FX Loop auch nicht regeln. Deshalb die Aussage weiter oben.
Ich tippe jetzt mal auf eine Disharmonie zwischen Delay und FX Loop. Ich weiß nicht genau welches Delay Du verwendest, aber ich habe mit dem Flashback von TC sehr gute Erfahrungen gemacht. Beim Flashback wird ein Direktsignal (sozusagen das Preampsignal ohne Delay) an den Out des Pedals gelegt. Den Effektanteil mischt man dann über den Mix-Regler dazu.
Das ist dann eher ein Paralleleffekt und kann dadurch sehr gut dosiert werden. Durch das Direktsignal bleibt das Attack erhalten und man büßt nicht soviel Durchsetzungskraft ein.
Je nachdem, welches Delay man verwendet, bei Dir aus dem Axe, kann es zu digitalen Artefakten kommen. Manche hören das nicht, andere sind da sehr empfindlich (ich auch). Wahrscheinlich hast Du in den Einstellungen Deines Delays auch die Möglichkeit einen High Cut zu regeln. Da ein realer Lautsprecher über 5.000 Hz die Frequenzen drastisch "leiser" überträgt, könnte ein High Cut um die 6.000 Hz im Delay helfen das Frequenzbild zu entrümpeln. Wenn Du auch einen Low Cut hast, kannst Du auch die unteren Frequenzen des Delays abschneiden. Ich setze da schon mal 160 Hz als Grenzfrequenz.