Auf deinem Plan ist es das Orange, und ein Oranges ist auch an der richtigen Stelle an deinen Schaltern. Auf dem Plan ist der Bridge-PU auch zuschaltbar wenn der Rhythm Circuit aktiv ist. So kenne ich das nicht. Es ist aber auch schon länger her, dass ich am offenen Jaguar operiert habe (wahrscheinlich wurde er vom Besitzer auf Jazzmaster gepimt). Vielleicht kontaktierst Du doch 'nen Guitar Tech. Die Verdrahtung von deinen 3fach-Schalter sieht aber so aus, wie auf dem von dir geposteten Plan.
Wenn der Humbucker deutlich leiser ist, kann es auch an der Verbindung zwischen dem rotem und weißem Kabel liegen. Hast Du das Iso-Band mal abgemacht und die Verbindung gecheckt? Vielleicht ist das nur verzwirbelt und nicht gelötet?
Aber als erstes würde ich noch mal alle Schaltungen checken:
Stell mal den oberen Schalter nach unten und die drei unteren Schalter nach oben. So dürfte die Gitarre verstärkt keinen Mucks von sich geben.
Jetzt schaltest Du den mittleren der 3 unteren Schalter nach unten. Jetzt müsste der Bridge-HB verstärkt werden.
Wenn Du jetzt den inneren Schalter (also der näher zu den Potis) runter schaltest, müsste der Sound von Humbucker "muffiger" werden.
Schalte den inneren wieder hoch und hör dir noch mal den Humbucker an. Jetzt schaltest Du den mittleren auch wieder hoch und den äusseren runter.
Jetzt müsste nur der Neck-PU zu hören sein. Von der Lautstärke sollte der Neck schon das gleiche liefern wie der Bridge-PU. Viele wollen aber einen dominanten Bridge-PU, der dann auch lauter sein darf.
Nun, der JB Jr. ist ja ein High Output Pickup, der sollte lauter als dein Neck-PU sein.
Hier noch mal der Plan als Illu (nur das hier der Neck-PU ein weißes anstelle eines gelben Kabels hat).