Irgendwie habe ich das Gefühl, daß hier zuviel gewollt wird
Das Projekt kann ruhig auf 44,1 KHz laufen, aber bitte bei 24 bit . 48KHz sind nicht nötig und vielleicht auch schon die Fehlerquelle als solche.
Mach doch mal ein neues Projekt in 44,1 bei 24bit. Den sog. "Beat" vorher auf dieses Format konvertieren, dann importieren.
Dann das ganze als 44,1 bei 16 bit exportieren und schauen, ob dann noch Timing-Fehler vorhanden sind.
Vielleicht ist aber auch der Beat die Fehlerquelle (Rechenfehler bei den Nachkommastellen, die jetzt erst zum Tragen kommen).
Letztlich: Ist alles nur Kaffeesatzleserei, solange Du nicht mal ein Soundbeispiel hochlädst.
Solange diskutieren wir leider nur im Dunkeln