Das die Gitarre konstruktionstechnisch sowie die Stimmung immer nur ein Kompromiss wurde ja schon festgestellt, auch bei Klavieren usw. ein Problem.
Beim normalen Spielen muss man mit dem Kompromiss leben. Bei Studio-Aufnahmen kenne ich es, dass je nach Song, gegriffenem Akkord, usw. passend gestimmt wird und dann auch mal ignoriert wird, was das Stimmgerät oder das Open-Tuning sagt. Liegt aber auch manch mal einfach daran, dass in höheren Lagen bei vielen Instrumenten die Bundreinheit (wenn auch nur minimal) flöten geht.
Es gibt ein paar wenige Hersteller, die das Problem mit "neuen..." Innovationen angehen, allerdings immer noch ein Schattendasein fristen bzw. im Massenmarkt keine Rolle spielt (zumindest Multiscale ist inzwischen mal aus der Nische raus gekommen). Spontan würde mir da die compensated Nut (bspw. bei MusicMan) einfallen, die gegriffene Töne im Zusammenspiel mit Leersaiten besser klingen lassen soll, sowie true temperament Frets - interessante Optik und inzwischen immer öfter mal zu sehen (bspw. auf der GuitarSummit), aber selbst noch nicht gespielt.