Was Gitarrenbauer-"Custom Shop"-Modelle anbelangt - auch das ist mehr oder weniger ein Glücksspiel. Ein erfahrener Gitarrenbauer kann zwar schon die Materialien und Konstruktion so wählen, dass er ungefähr die besprochenen klanglichen Vorstellungen des Kunden trifft - es gibt aber genügend Beispiele, in denen Kunden zwei identische Gitarren haben wollten, die dann gebaut wurden und trotzdem verschieden geklungen haben, was auch die Gitarrenbauer selbst eingeräumt hatten, wenn man sie denn gefragt hat. Natürlich hängt das keiner an die große Glocke, weil das die Kundschaft, die da einen Batzen Geld in die Hand nimmt, nur verunsichern würde, wenn man sagt "naja, ich kann dir nicht zu 100% garantieren, dass der Sound dir dann hinterher auch gefällt" - obwohl das eigentlich jedem einigermaßen logisch denkenden Menschen von vornherein klar sein müsste.
E-Gitarren werden aus Holz gebaut, einem natürlich gewachsenen Werkstoff, der massiven Schwankungen in bestimmten Parametern unterliegt (Dichte, Härte, Steifigkeit etc.) - selbst zwei Stücke von genau dem gleichen Baumstamm, einmal von ganz unten, einmal von weiter oben herausgesägt, werden unterschiedliche physikalische Eigenschaften haben.
Ohne diese Diskussion ums Thema Holz wieder anzetteln zu wollen, dürfte jedem klar sein, dass dieser Faktor eine große Rolle bei der Saitenschwingung und -bedämpfung spielt und letztlich eben auch für den Sound, der über den Amp zu hören ist.
Von Toleranzen bei der Hardware (z.B. PUs, Potis etc.) will ich erst gar nicht reden, genauso von der Verarbeitung und Einstellung der jeweiligen Instrumente (wie ist der Sattel gefeilt, wie sind die Bünde abgerichtet, wie sind die Halskrümmung und die Bridge eingestellt etc.).