das sind jetzt so Mischklänge, bei denen du beachten musst, dass nicht nur die gespielten Töne relevant sind. Wichtig ist hier auch die Verteilung in gegriffene und leere Saiten, die klingen nämlich unterschiedlich. Test: spiel die selben Akkorde z.B. auf einem Piano, wo alle Töne wirklich gleich klingen. Ich behaupte, ein Großteil des "Charmes" kommt halt von dem speziellen Sound der offenen Saiten.
Zweitens, dass bei beiden Akkorden die gleichen Töne dazu kommen und liegen bleiben, macht auch sehr viel aus. (Unabhängig von den Leersaiten. Das klappt auch mit dem Piano usw.)
Beim Bass heißt das Pedalton.
Beide Effekte bedeuten, dass du nicht genug damit erledigt hast, einfach vertikal betrachtet die Töne auszurechnen und Nummern zu vergeben, damit triffst du den Charakter der Akkorde nicht.
---
Aber um auch die eigentliche Frage zu beantworten:
so, wie du die Diagramme bezeichnet hast, klingt auch die tiefe E-Saite mit. Damit sind beide Akkorde über den Basston E geschichtet, und genau so kannst du sie auch nennen:
F#m7/E und
G#m7/E.
---
zu deiner formulierten Frage, die meiner Meinung nach wegen dem Basston nicht zutrifft:
Was aber macht der zusätzliche Ton B aus dem F#m7 Akkord? Etwa einen "sus" Akkord?
sus heißt, die Terz wird durch die 4 (=11) ersetzt (suspended). Wenn die Terz noch da ist (wie in diesem Fall der Ton A beim F#m-Akkord), nennt man es nicht sus.
Dein F#m7 mit dem Ton B wäre ein
F#m11. Bei Mollakkorden kann man die 11 dazunehmen, der Akkord verträgt das.
Und was macht das zusätzliche E aus dem G#m7 Akkord?
manche nennen das b13, ich finde aber (vor allem auch vom Höreindruck) dass im Mollakkord eine b13 nichts zu suchen hat. Dieser Ton E macht aus dem G#m-Akkord eine Umkehrung von E. Die Töne ergeben ja von E gesehen auch alle Sinn, E maj7 (wegen G#m7 auch noch die 9) und Terz im Bass.
E maj9/G#.
---
edit
Claus war schneller, ich lass es trotzdem mal stehen