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Hm, einfach "Lelie Mikrofonierung" bei Google eingegeben hätte Dir als erste beiden Treffer die folgenden - alles (auf deutsch) abdeckenden - Links zu Foren mit den entsprechenden treads geliefert:
Oder meinst Du die Aufnahme eines Signals, das nicht aus einem richtigen "Luftquirl", sondern aus einer Simulation (interne Leslie-Simulation oder Ventilator o.ä.) kommt? Dann ganz klar: Stereo. Gute Simulationen zeichnen sich ja gerade dadurch aus, dass der räumliche Effekt so gut wie möglich simuliert wird und das funktioniert in Mono kaum. Das Signal lebt dann nicht mehr, sondern eiert nur unmotiviert saft- und kraftlos herum. Das wäre gerade noch für Anwendungen geeignet, wo die Orgel vom Gesamtsound und Arrangement her absolut im Hintergrund steht und keiner Wert auf guten Orgel-Sound legt.
"Klassisch": stereo am Horn und ein separates Mikro für den Bass. Im Studio auch gerne statt dessen oder zusätzlich ein Stereopaar in ein paar m Entfernung. Wie genau die Mikros stehen sollten, ist abhängig vom Leslie, vom Raum, von dem zu erzielenden Sound (jazzig, rockig, ...). Da am besten mal experimentieren.
Das Leslie sollte aber in der Aufnahme wirklich stereo sein - sowohl "echt" als auch simuliert. Nur den Tipp beachten: die Stereosignale nicht voll ("hart") nach links und rechts pannen, sondern nur ca. 25% und 75% (wenn 50% center ist). Klappt meist ganz gut.
Meine letzte Aufnahme sah so aus - da war das Raummikro nur Mono (insgesamt also 4 Mics, Bass und Raum center, die beiden Top-Mikros mäßig gepannt):
Und so klang das dann (auch eine HX3, gespielt über das abgebildete Leslie):