Ob die ganze Tonart transponiert wird, oder nur die einzelnen Noten hängt vom Instrument ab. Für die meisten Instrumente muss die ganze Tonart transponiert werden, in der von Fluty erwähnten Art. In einem Stück in F-Dur steht daher eine Stimme der B-Klarinette in G-Dur (eben einen Ganzton höher), während z.B. eine Stimme des in F transponierenden Englischhorns in diesem Stück in C-Dur (eine Quinte höher) steht.
Eine Ausnahme stellen jedoch Hörner und Trompeten dar. Aus historischen Gründen (weil diese Instrumente ursprünglich für jede Transposition ihr Instrument, bzw. Teile des Instruments wechselten und in diesem jeweils nur in der Grundtonart spielen konnten, welche für sie "C-Dur" war) werden diese Instrumente ganz ohne Vorzeichen notiert, also sozusagen in C-Dur, und die einzelnen Töne mittels Versetzungszeichen angepasst. Im obigen F-Dur Beispiel würden deswegen B-Trompeten ohne Vorzeichen notiert, einfach jeder Ton einen Ganzton höher transponiert. Die Hörner ebenso ohne Vorzeichen, eine Quinte höher.
Diese Praxis ist aber nicht völlig unangefochten. In letzter Zeit hat es sich insbesondere in der Blas-, Schul- und Filmmusik eingebürgert alle Instrumente mit Tonart zu transponieren, also auch Hörner, Trompeten, Kornette, und ein paar andere verwandte Instrumente. Gleichzeitig wird heute aber natürlich auch viele Musik (insbesondere die nicht traditionell tonale) ganz ohne Vorzeichen notiert, so dass alle Stimmen in der Art der Hörner und Trompeten transponiert werden. Und last but not least, gibt es einige Komponisten der Vergangenheit und Gegenwart, welche zwar Hörner ohne Vorzeichen notierten, Trompeten aber wie die Holzbläser transponierten. Ein ziemliches Wirrwar also…
Was nun, würde ich dir empfehlen zu tun? Das hängt ein wenig davon ab, was für Musik du schreibst und für wen. Wenn du Blasmusik schreibst, transponiere für alle Instrumente die ganze Tonart. Wenn du dich in einem eher klassischen Rahmen bewegst und gleichzeitig klar in Tonarten schreibst, mache die Ausnahme für Hörner und Trompeten. Wenn du eine Musik schreibst, welche nicht wirklich in einer Tonart steht, lasse Vorzeichen bei allen Instrumenten weg und transponiere einfach alle Einzeltöne entsprechend. Eine einzige universal gültige Methode gibt es leider zur Zeit nicht.