Eine mögliche Fehlerquelle wäre noch das unbeabsichtigte Verschieben/Mitziehen der Saite.
Zu Anfang sitzen die Griffe nicht, die Finger sind noch nicht so gelenkig, man trifft nicht exakt, krampft beim Greifen vor allem beim (schnelleren) Üben von Griffwechseln noch unwillkürlich statt die Finger locker über das Griffbrett schwebend exakt auf ihre Position zu setzen.
Wenn man dann von oben auf die Gitarre schaut fällt es einem selbst kaum auf, aus den o. g. Gründen heraus hält man dann aber die Saite oft z. B. nach oben ein wenig verschoben fest ohne das es groß auffällt da man die Saite quasi mitzieht beim Versuch die Finger korrekt zu setzen.
Die Folge ist ein mehr oder weniger großes Minibending was Auswirkungen auf den Klang hat. Einfach mal den Zeigefinger z. B. in den 3. Bund der A-Saite setzen, anschlagen und die Saite nur minimal, 1, 2 mm, bei gleichem Druck nach oben schieben, man hört schon da wie sich der Ton verändert.
Wenn man das unter ungünstigen Bedingungen auf 2,3 Saiten multipliziert verursacht das einen schrägen oder ganz anderen Ton wie der den man eigentlich erwartet hat, selbst wenn man den Druck nicht verändert bzw. korrekt neben dem Bundstäbchen greift mit gerade für das einwandfreie Schwingen der Saite erforderlichem Druck. Das dann jedesmal wenns passiert evlt. in unterschiedlichen "Bending"-Positonen, vielleicht noch gepaart mit unsauberen Greifen und zu hohem oder sich veränderndem Druck und man hat automatisch immer einen anderen, falschen Ton.
Diese Beobachtung hab ich zumindest bei mir gemacht, ich weiss nicht ob es beim Threaderöffner evlt. ähnlich ist, dann halt durch Üben versuchen das abzustellen.
Edit: Ich sollte beim Verfassen von Beiträgen nicht zwischendurch vom Rechner weggehen, A.P. war deshalb schneller