Ich habe Dein Problem eigentlich nicht wirklich verstehn können, da ich aber vor ähnlichem Problem stand, hier der Versuch einer Antwort...
Leider habe ich keine Cubase Erfahrung, hoffe aber einfach, dass das ähnlich wie bei Logic ist....
Das "Anschließen" an Cubase erfolgt via Firewire Anschluß und dann gewünschter/notwendiger I/O-Port Zuweisung in Cubase. Sprich man kann/muss der DAW sagen welchen Ausgang es nehmen soll.
Um Eingangssignale zu bearbeiten/verändern gibt es im Prinzip mehrere Möglichkeiten. DAWs wie Cubase haben intern EQs, Kompressoren, Hall, etc. So kann man das trockene Signal aufnehmen und "später" beim Mix mit (Plug-In)Effekten versehen. Dazu ist dann kein Verkabeln notwendig, sondern ein entsprechendes Auswählen in der DAW. Ich habe dabei "später" in Anführungsstriche gesetzt, weil man das mit Effekten versehene Signal sich auch direkt (wenn auch mit minimaler Latenz) bei der Aufnahme auf den Monitor oder Kopfhörer geben lassen kann. Wenn für das Abhören das Saffiere genutzt wird, muss auch hier das "richtige" Signal dort hin geroutet werden, wo es hin soll. (z.B. DAW 1 und 2 auf die Kopfhörer). Dafür verwendet man das Saffire Tool Mixcontrol.
Ein 2. Weg ist, externes Equipment (z.B. 19" Muliteffekte, Kompressoren) zu nutzen und das Mikrophonsignal mit den externen Geräten zu verändern (z.B. mit Hilfe von einem Mixer einer PA). Der Vorteil ist dass man so z.B. genau die Effket nutzen kann, die man auch Live einsetzt oder besonders schätzt. Der Nachteil ist, dass man das bearbeitete Signal aufnimmt und nach der Aufnahme nicht mehr verändern kann. Dazu kann man z.B. eben ein Mischpult nehmen, die Effekte einschleifen und den Mixerausgang am Saffire anschlieschießen.
Das Saffire ist jedoch recht intelligent aufgebaut und erlaubt es auch direkt externe Effekte einzuschleifen. Dazu kann man die Ein- und Ausgänge entsprechen routen. Ich habe das jetzt kürzlich genutzt, um ein externes Hallgerät zu benutzen. Dazu habe ich im Mixconrol den genutzen Mikrophoneingang auf den Montiorausgang 1 geroutet. Dieser Ausgang wurde mit dem Eingang vom Hallgerät verkabelt. Den Ausgang vom Hallgeraät mit den Line Eingängen 3 und 4 verstöpselt und in der DAW Eingang 3 und 4 als Audioquelle für die entsprechende Spur aus gewählt.
Noch nicht probiert habe ich, das DAW-Signal auf die Monitorausgänge zu routen und dann durch die externen Effkte zu schicken. Dann könnte man das Wet-(/Dry-Mix-)Signal auf einer weitere Spur aufnehmen und so mittels "Re-recording" auch später beim Mix noch etwas an den Effekten verändern. Im Prizip sollte auch das funktionieren.
Wenn jedoch keine ausgefallenen oder besonders spezial hochwertige Effekte notwendig sind, sollten die Komressor-Plug-Ins (die Focusrite für Reverb, EQ und Kompressor) auch mitliefert, völlig ausreichen.