Im Blockflötenbereich hast Du bei Flöten die Fortschreitung
C (Großbass) - F (Bass) - C (Tenor) - F (Alt) - C (Sopran) - F (Sopranino) - C (Garklein)
So passen sie klanglich gut zusammen.
Bei den Irish Flutes wird äquivalent in D-G-D gearbeitet.
F# ist etwas... ehm... dämlich. Das passt zwar in einen D-Dur-Dreiklang, passt aber als Tonleiter nicht so Recht dazu. Logischerweise sollt's C# sein, was Du als andere Flöte dazu nimmst, die findest Du aber nur schwer.
Ob nu' Dur oder Moll ist so lange wurscht wie alle Beteiligten das gleiche haben. (also alle Flöten in Moll oder alle Flöten in Dur)
Wenn jemand D-Dur spielt, kannst und wirst Du dazu kein Irgendwas-Moll spielen, auch wenn es eine sogenannte parallele Molltonart gibt, sondern Du wirst D-Dur spielen. Sonst klingt ihr zusammen sch***.
Nur weil die Flöte in D moll gestimmt ist, heißt das nicht, dass man nicht auch andere Tonarten damit spielen kann - dazu muss man dann halt Halbtöne greifen.