Er (und viele andere Gitarristen) kann bzw. will es sich eben leisten, verschiedene Amps mit verschiedenen Sounds zu benutzen...
Da die Amps fast alle Einkanaler sind oder zumindest mangels getrennter Regler so am kompromisslosesten benutzt werden können, kann er so jeweils einen Amp für einen speziellen Sound auf die gewünschte(n) Box(en) schalten.
Wenn ich richtig informiert bin, nutzt John Frusciante allerdings auch Stereo-Effekte, und zu diesem Zweck wird er wohl zwei (oder mehr) Amps auf den gleichen Einstellungen benutzen, und damit jeweils einen der beiden Stereo-Kanäle des Effekts verstärken, da die Amps ja Mono sind.
Stereo-Effekte sind z.B. Chorus-Sounds, die dann praktisch im Stereo-Panorama zwischen beiden Seiten "herumwabern".
Dass er nicht alle Amps auf der Bühne ODER alle im Rack hat, hat sehr sicher nur optische Gründe.