Nach den Soundfiles bei Thomann würde ich nicht unbedingt gehen. Der JB ist IMHO für einen Neck-PU zu "heiß". Ich habe bis jetzt auch noch keine allzu guten Erfahrungen mit outputstarken Neck-PUs gemacht (Keramik). Es gab wohl mal ein JB-Neck-Modell, welches allerdings nichts anderes als der SH-2 Jazz gewesen sein soll.
Du schreibst allerdings, das die Positionen 1,3 und 5 "dumpf" klingen, also alle Positionen, auf denen die HBs seriell geschaltet sind, sozusagen mit voller Leistung laufen. Das heißt, dass der Bridge-HB ja auch zu dumpf klingen müsste. War das denn vorher auch so? Das die Zwischenpositionen 2 und 4 "heller" und in Deinen Ohren angenehmer klingt hängt damit zusammen, dass die Humbucker in diesen Positionen gesplittet werden, also nur mit einer Spule laufen. Das klingt dann im Vergleich zum "vollen" Humbucker eine ganze Ecker heller und dünner.
Ich würde den JB auf jeden Fall an den Steg setzen, da gehört er hin und da klingt er auch am besten. Eventuell würde ich mir dann noch mal einen neuen Neck-HB besorgen. Sehr gern wird der JB mit dem SH-1 '59 oder dem SH-2 Jazz kombiniert. Der '59 ist ein PAF mit Vintagesoundcharakter und der Jazz klingt etwas "moderner" und "klarer, dafür sehr artikuliert.
Sollte der JB in der Halsposition verbleiben, würde ich ihn parallel verdrahten. Der Sound wird dann "singlecoil-artiger", klingt allerdings nicht gleich (!), dafür bleibt der Humbucking-Effekt erhalten. Auf diese Weise könnte der JB vielleicht auch ganz gut als Neck-PU funktionieren.
Hier wird das auch noch mal erklärt:
http://www.rockinger.com/index.php?page=ROC_Workshop_Humbucker
Verdrahten würde ich die Gitarre auf diese Weise:
http://www.seymourduncan.com/suppor...atics.php?schematic=2hum_1vol_1tone_super5way
Allerdings hast Du ja schon erkannt, dass Fender-PUs eine andere Farbcodierung haben. Hier werden die Farben der einzelnen Hersteller erklärt:
http://www.seymourduncan.com/support/wiring-diagrams/schematics.php?schematic=color_codes
Ich weiß nicht, was für Potis Fender bei dieser Gitarre verwendet, aber der JB wird auch sehr gerne mit 250K-Potis verbaut. Bei vielen anderen Humbuckern klingen diese Potis oft aber zu dumpf. Vielleicht liegt es auch daran? Normalerweise nimmt man für Humbucker 500K-Potis und für Singlecoils 250K, wobei es da auch nach persönlicher Präferenz geht.
Ich würde allerdings erst einmal alles in der Gitarre so belassen wie es ist.