OK, ein paar Sachen erscheinen mir jetzt klarer:
Wenn ich in Cubase aufgenommene Audiofiles und Midispuren gleichzeitig abspiele, kann ich auch beides hören.
Gut, dann ist ja alles in Ordnung.
Nur wenn ich eine Audiospur mit Line-In aufnehmena möchte, muss ich im Audiocontrol-Pannel immer auf Monitor (roter Kreis) schalten, damit ich die Ausgabe von Line-In höre.
Das musst du nur dann, wenn du das Monitoring über die Soundkarte machen willst. Es gibt generell zwei Möglichkeiten des Monitorings (als dass man sich selbst hört, während man aufnimmt): Software Monitoring und Direct/Hardware Monitoring. ERsteres läuft wie der name sagt über die Software. Das Signal geht einmal ganz in den Rechner und durchläuft quasi Cubase, und wird dann zusammen mit allem anderen wieder an die Soundkarte geschickt. Das aktiviert man in Cubase, indem man auf dieses kleine Lautsprechersymbol in der Spur klickt. Nachteil beim Softwaremonitoring ist, dass da eben die berüchtigte Latenz ins Spiel kommt - die man aber ja durchaus so niedrig bekommt, dass man sie nicht hört, sollte bei dir auch der Fall sein. Vorteil ist, dass man dann auch schon die Effekte, die auf der Spur liegen, beim Monitoring hört. Und das ist ja sogar notwendig, wenn man z.B. Gitarrenampsimulationen spielt (wo man also eine E-Gitarre direkt in die Soundkarte steckt) und natürlich wenn man mit einem MIDI-Keyboard VST-Instrumente spielt.
Beim Hardwaremonitoring wird das Eingangssignal mehr oder weniger direkt wieder auf den Soundkartenausgang geschickt, also noch bevor es in den Rechner geht. Wie das genau funktioniert ist bei jeder Soundkarte etwas anders gelöst. Bei der Audiophile stellst du ja in der Spalte HW Out 1/2, was aus dem analogen Cinch-Ausgang der Soundkarte zu hören sein soll. Wenn du "HW In 1/2" wählst, dann hörst du da nur das Signal, was in den Cinch-Eingang reingeht. Wenn du "SPDIF In" wählst, dann hörst du nur das Signal, welches gerade in den SPDIF-Eingang reingeht. Wenn du "Wave Out 1/2" wählst, dann hörst du das Signal, welches von der Software kommt. Und wenn du "Monitor Mixer" wählst, dann hörst du das Ausgangssignal des Monitormixers. Der hat ja als Eingangskanäle zum einen die EIngänge der Soundkarte, zum anderen die von der Software kommenden Signale. Du kannst dir also so einen persönlichen Monitor Mix einstellen, eben eine gewünschet Mischung aus Playback und Eingangssignal. Kann es sein, dass da im Monitor Mixer einfach den WveOut (also das von Cubase kommende Signal) nicht aufgedreht hast?
Wenn du also das Software Monitoring nutzen willst, dann stell das Routing für den Soundkartenausanga auf "WaveOut 1/2", dann hörst du nur das von Cubase kommende Signal, aber du kannst ja eben dort in der Spur das Monitoring aktivieren. Oder hast du vielleicht in den Cubase-einstellungen "Direktes Mithören" aktiviert? Das solltest du deaktiveren.
Und wenn du lieber das Direct Monitoring nutzen willst, dann stell das Routing für den Soundkartenausgang auf "Monitor Mixer" und stell dir im Soundkarten-ControlPanel deinen Gewünschten MonitorMix ein.
Habe ich da noch irgend etwas vergessen oder falsch konfiguriert?
Ein Screenshot vom "Monitor Mixer" wäre nicht schlecht, die "Hardware Settings" dagegen sind egal (wobei ich mich gerade frage, warum du die Eingangssignal um 180° phasenverdrehst

)