DiMarzio und Seymour Duncan liegen haben unterschiedliche Phasen. Beim Seymour Duncan müsste dann der schwarze gegen den grünen Draht getauscht werden, ansonsten ist die Mittelposition Out-Of-Phase, also sehr dünn und nasal. Manche mögen das, aber für Metal ist das eher nicht so erwünscht. Ansonsten kann man aber ruhig Pickups verschiedener Marken mischen.
Zu bassige Pickups finde ich eher kontraproduktiv. Das klingt dann nicht druckvoller, sondern eher undefinierter und verwaschener. Der SH-8 Invader ist so ein Beispiel. Den würde ich nur in hell klingende Gitarren ohne Lowend einbauen und dann auch nicht zu weit runterstimmen. James Hetfield hatte die damals in seiner Electra Flying V verbaut und auf Kill 'Em All gute Sounds rausbekommen. Die hat er aber auch über einen hochmittigen, getunten Plexi gespielt. Ich weiß nicht, welchen Amp du spielst, aber einige "moderne" Amps haben von Haus aus schon ein dunkles, tiefmittiges Voicing.
Für Thrash ist der SH-6 Distortion ein Klassiker, weil er diesen "sägenden" 80s-Metal-Sound sehr gut hinbekommt. Der Black Winter ist ein Update dieses PUs. Klarer und ausgewogener vom Sound und auch noch flexibler. Der Hals-HB vom Black Winter kann sogar gute Cleansounds raushauen.
Der Nazgul ist gar nicht so fett in den Bässen, sondern hat sehr straffe, knarzige Bässe, die eher im höheren Spektrum dieses Frequenzbereichs angesiedelt sind. Damit sind tighte, schnelle Riffs möglich, für Leads ist er aber vielleicht etwas zu "knochig" und "trocken". Das was er kann, beherrscht er gut, aber er ist nicht sehr flexibel. Das Voicing geht auch eher in Richtung moderne Metalsounds, obwohl Thrash auch kein Problem sein wird.
Wenn du einen fetten und breiten Rhythmussound am Steg haben möchtest, der nicht zu komprimiert ist und auch trotz der Bässe noch straff ist, dann würde ich mir mal den SH-5 Custom anhören. Thrash kann der auch sehr gut, aber durch den nicht so ganz hohen Output (ca. 14K) ist er auch sehr flexibel. Wenn es mal rockiger sein soll, dann ist das kein Problem. Mitten haut er auch genug raus, aber sie sind etwas weniger betont als Bässe und Höhen, trotzdem ist er nicht gescoopt in den Mitten und bleibt durchsetzungsfähig. Der SH-6 hat hingegen eine starke Betonung der Mitten und klingt bissiger und etwas aggressiver, dafür ist der SH-5 wie ein Vorschlaghammer. Viel Verzerrung und tiefe Tunings sind auch kein Problem. Er ist im Prinzip wie ein stark aufgemotzter PAF und hat auch ein ähnliches Spielgefühl. Man kann ihn sowohl etwas moderner, als auch klassischer (80s) klingen lassen.
Der SH-13 Dimebucker basiert, wie schon von dir beschrieben auf dem Bill Lawrence 500XL. Der HB wurde so gevoict, dass er für einen so heiß gewickelten HB noch eine Menge an Höhen raushaut. Die Mitten sind etwas gescoopt. Da müsste meiner Meinung nach das restliche Setup passen. Wenn die Gitarre nicht gerade Mitten von Haus aus liefert und der Amp samt Speaker(n) auch nicht gerade fett in den Mitten ist, könnte es schnell etwas zu viel des Guten sein und es klingt dünn und schrill. Du hast dann zwar den "amtlichen" Scoop-Sound alá "...And Justice For All" mit vielen Bässen und Höhen, aber wenn die Mitten zu sehr zurückgenommen werden, klingt die Gitarre einfach nicht mehr "fett" und im Bandkontext gehst du gnadenlos unter. Ist der Sound zu stark in den Mitten, vor allen Tiefmitten, so wird er hingegen wieder undefiniert und matschig.
Die Ibanez RGA42 hat ab Werk aktive Pickups verbaut. Ich weiß nicht, was da für Elektronik drinsteckt, weil man die auch auf passiv stellen kann, aber bei EMGs, Seymour Duncan Blackouts und Co. werden 25K-Potis verbaut und eine Stereoklinkenbuchse. Für passive PUs reicht eine Monoklinkenbuchse und für Humbucker werden in der Regel 500K-Potis verwendet. Mit 25K wären die Potis eher Schalter.