Erstens kann schon mal ein einzelnes Teil (also eine von mehreren vermeintlich identischen Schrauben) materialmäßig Besonderheiten haben.
Zweitens ist ein Koffer für lange Zeit unbeobachtet nicht zwingend die optimale Umgebung. Sicherheit brächte nur ein Hygrometer zur Bestimmung der Feuchtigkeit im Koffer. Zu beachten ist, dass absolut trocken (also Luftfeuchtigkeit im Koffer gegen 0 %) für Gitarren schädlich ist, weil das Holz stellenweise völlig austrocknet und Risse bekommt.
Drittens ist es nicht an jeder Stelle einer Gitarre und in einem Koffer gleich feucht. Vielleicht kommt an diese eine Schraube besonders viel z.B. Handschweiß (Anmerkung: nicht jeder hat Handschweiß mit derselben Zusammensetzung, wie z.B. demselben ph-Wert) oder ist mehr Feuchtigkeit im Polster des Koffers an oder in der Nähe der betreffenden Stelle dieser Schraube.
Wechsle die Schraube doch einfach aus. Wenn Du keine identische neu bekommst, kannst Du sie ja reinigen (mechanisch, chemisch) und mal mit einer anderen tauschen und sehen, welche weiter einen Belag bekommt (allerdings neigen Metallgegenstände, die einmal Korrosion zeigten dazu, das dann immer weiter zu haben, also ist die Chance sehr groß, dass diese eine Schraube auch an einem anderen Ort weiter "rostet").